En Prototype encarnaremos a Alex Mercer, un hombre perseguido por su pasado, un personaje mutado genéticamente que tiene unos increíbles poderes de combate, destrucción y engaño. Alex lucha en una guerra secreta en la ciudad de Nueva York con el fin de desenmascarar una conspiración que lleva oculta 40 años. Para llevar a cabo su tarea, se nutre de sus enemigos para adquirir su aspecto físico y memoria, para convertirse en el disfraz perfecto o transformar su cuerpo en una aniquiladora arma biológica.