En plena Guerra de Vietnam, un avión de transporte de operaciones encubiertas porta una mercancía de alto secreto conocida como “Whiteknight”, que acaba siendo perdida en las profundidades de las recónditas junglas. Con el objetivo de recuperar la mercancía se envían al lugar del suceso Soldados de Operaciones Especiales, pero uno tras otro desaparecerán sin dejar rastro… hasta que un mes más tarde, uno de ellos sale de la jungla.

Shellshock 2 Blood Trails es un juego muy diferente al resto. En ocasiones el usuario se sentirá protagonista de una película de terror más que en un videojuego. El aspecto de supervivencia adquiere mayor sentido con el hecho de que el jugador lucha contra todos los bandos de un conflicto cruel: los enemigos, los aliados y las víctimas… y contra un enemigo que no pertenece a ningún bando, el Whiteknight.