En Alpha Protocol adoptaremos el papel de un agente al más puro estilo James Bond, Jack Bauer o Jason Bourne. De hecho nos pondrá en la piel de un agente novato, y nos permitirá ir escalando puestos para convertirnos en uno de esos super espías que ya todos conocemos.
Jugaremos con el agente llamado Michael Thornton, y el combate durante el juego parece ser que será en tiempo real, con una perspectiva en tercera persona muy en la línea de lo que ya hemos podido disfrutar y ver en otros títulos del género. Además podremos aumentar las capacidades de nuestros gadgets y poderes, lo que hará que percibamos las cosas de una manera totalmente distinta a como lo hubiésemos hecho si no se hubieran aumentado. El diálogo tendrá también su importancia, pudiendo elegir distintas rutas de comportamiento, ya sea temperamental, impaciente, etc.
Nuestra misión nos llevará a viajar por todo el mundo, y tendremos distintos objetivos que llevar a cabo al mismo tiempo, pudiendo elegir con cuál empezar. El romance también hará un importante acto de presencia durante el juego, pues nos encontraremos a más de alguna exuberante fémina en la línea de las chicas Bond.