Esta es la primera continuación real del clásico original de 1988 para Nintendo Entertainment System. Bionic Commando surge del regreso de Nathan "Rad" Spencer, biónicamente mejorado y con la voz de Mike Patton, el legendario vocalista de Faith No More. La vida no ha sido fácil para Spencer: diez años después de su heroica victoria sobre los Imperiales en el juego original, se ve traicionado por el gobierno al que juró servir, encarcelado por crímenes que no cometió y sentenciado a muerte.

El día previsto para la ejecución de Spencer, unos terroristas provocan la detonación de un arma de destrucción masiva en fase experimental en Ascension City. La explosión desencadena un violento terremoto que aniquila a toda la población y deja la ciudad reducida a un montón de escombros. Con el lugar en ruinas y la zona de defensa aérea de la ciudad bajo el control de un extenso grupo terrorista con objetivos inciertos, la FSA tiene una única opción: un asalto tras las líneas enemigas. El trabajo perfecto para un comando biónico.

Bionic Commando traslada la vertiginosa acción del juego original de 8 bits a un fantástico entorno en 3D, con imponentes rascacielos, monorraíles y carreteras suspendidas en el aire, cañones vertiginosos y montañas rocosas completamente verticales. Todo lo que incluye este entorno se puede escalar mediante técnicas de balanceo, escalada y alpinismo.